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动漫设计网站,开发区人才网招聘信息,wordpress标题代码调用,扬州建设工程信息网站食管鳞状细胞癌#xff08;ESCC#xff09;是食管癌的主要亚型#xff0c;新辅助免疫检查点阻断#xff08;ICB#xff09;治疗已展现出一定疗效#xff0c;但临床中患者应答差异显著#xff0c;始终缺乏可靠的疗效预测标志物——这一问题一直困扰着临床医生和研究者。2…食管鳞状细胞癌ESCC是食管癌的主要亚型新辅助免疫检查点阻断ICB治疗已展现出一定疗效但临床中患者应答差异显著始终缺乏可靠的疗效预测标志物——这一问题一直困扰着临床医生和研究者。2023年11月13日《Cancer Cell》杂志发表了由上海交通大学医学院附属上海胸科医院李志刚教授、温州医科大学苏建忠教授、中国医学科学院刘芝华教授及中国科学院上海营养与健康研究所龙凌云教授团队的合作研究该研究发现了一群特定的类祖细胞耗竭型CD8 T细胞CD8 Tex-SPRY1是决定ESCC新辅助免疫治疗响应的关键因素。今天我们就来拆解一下这篇文章Progenitor-like exhausted SPRY1CD8 T cells potentiate responsiveness to neoadjuvant PD-1 blockade in esophageal squamous cell carcinoma研究概述ESCC新辅助ICB治疗的临床获益有限且缺乏有效生物标志物研究通过单细胞RNA测序scRNA-seq等技术分析接受该治疗的ESCC患者肿瘤样本鉴定出CD8 Tex-SPRY1细胞亚群。这类细胞具有祖细胞样耗竭T细胞Tpex表型可特异性预测ICB治疗应答和患者生存其通过与促炎巨噬细胞、三级淋巴结构TLS相关B细胞相互作用增强抗肿瘤免疫。实验设计纳入接受新辅助PD-1抑制剂联合化疗的可手术ESCC患者收集治疗前内镜活检和治疗后手术切除的肿瘤样本部分患者同时收集外周血样本通过scRNA-seq、单细胞T细胞受体测序scTCR-seq构建细胞图谱结合多重免疫组化、bulk RNA-seq进行临床队列验证利用小鼠过继性细胞转移实验、流式细胞术等验证CD8 Tex-SPRY1细胞的功能通过生物信息学分析探索细胞亚群间的相互作用机制。研究结果•图1单细胞测序展示了ESCC新辅助治疗前后的免疫微环境动态发现CR患者在治疗后经历了显著的微环境重塑。•图2鉴定出CD8 Tex-SPRY1细胞亚群具有类祖细胞特征且其比例与肿瘤代谢活性降低PET-CT评价显著相关。•图3在独立验证队列中CD8 Tex-SPRY1特征评分在预测免疫治疗响应方面表现优于PD-L1且是患者生存的独立预测因子。•图4动物实验证实Spry1表达能提升肿瘤浸润T细胞中Tpex的比例并显著增强抗PD-1治疗的抑瘤效果。•图5促炎型Macro-MMP9巨噬细胞通过CXCL9/10-CXCR3轴与CD8 Tex-SPRY1细胞形成正反馈环路共同维持免疫活性。•图6三级淋巴结构TLS相关的B细胞通过IL23信号促进CD8 Tex-SPRY1细胞活化并诱导Tfh细胞参与抗肿瘤响应。生信分析Cell Ranger将scRNA-seq和scTCR-seq测序数据比对到人类参考基因组GRCh38生成原始表达矩阵和TCR序列数据。Seurat进行单细胞数据标准化、批次校正、聚类分析和细胞亚群注释构建SCT标准化矩阵并筛选差异表达基因。Scanpy对单细胞数据进行预处理、PCA降维、UMAP可视化和 Leiden 聚类辅助细胞亚群细分和轨迹分析。Scrublet估算每个样本中的潜在双细胞比例设定预期双细胞率为5%过滤低质量数据。BBKNN校正不同样本间的批次效应构建批次平衡的k近邻KNN图为后续聚类做准备。Leiden algorithm对单细胞数据进行聚类分组通过调整分辨率参数0.3-0.9获得不同精细度的聚类结果。inferCNV通过比较上皮细胞与参照正常细胞的基因表达强度推断细胞拷贝数变异用于区分恶性与非恶性上皮细胞。scVelo Dynamo基于RNA速率分析推断CD8 T细胞的分化发育轨迹及状态转换动态。Slingshot在无监督模式下推算CD8 T细胞亚群的发育谱系及伪时间数值。CellChat NicheNet分析细胞间的配体-受体相互作用预测配体对目标细胞下游基因表达的调控潜力。GSVA ssGSEA用于在Bulk RNA-seq验证队列中计算特定细胞亚群的特征基因集评分。velocyto生成loom文件为RNA速度分析提供基础数据支持辅助细胞轨迹推断。scirpy处理scTCR-seq数据分析T细胞克隆型组成和谱系追踪鉴定共享克隆型。DESeq2用于bulk RNA-seq和单细胞差异表达基因分析计算基因表达倍数变化和校正后P值。HTSeq-count统计bulk RNA-seq数据中每个基因的读段计数为差异表达分析提供输入数据。HISAT2将bulk RNA-seq清洁读段比对到人类参考基因组进行转录组定位。fastp预处理bulk RNA-seq原始数据过滤低质量读段获得清洁数据用于后续分析。Mutect2从全外显子测序WES数据中调用体细胞变异结合正常对照样本筛选高可信度突变位点。ANNOVAR对WES检测到的体细胞变异进行功能注释关联ESCC已知驱动基因和癌症相关通路。Vision计算单细胞数据中基因特征的表达分数辅助细胞亚群功能注释和表型验证。总结研究意义本研究界定了食管鳞癌中一群具有类祖细胞特征的耗竭型CD8 T细胞CD8 Tex-SPRY1并证明其可作为预测免疫治疗响应的特异性生物标志物,。此外揭示了以CD8 Tex-SPRY1细胞为核心与巨噬细胞及B细胞协同作用的免疫激活网络为食管鳞癌个体化免疫治疗和联合用药方案的设计提供了理论基础。文章复现这篇文章的原始数据和生信分析代码都公开了非常全面。原始数据• 单细胞测序及全外显子测序数据HRA003312(https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human/browse/HRA003312)• Bulk RNA-seq验证数据HRA005507(https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human/browse/HRA005507)代码仓库• https://github.com/zgyaru/anti-PD1_ESCC• https://doi.org/10.5281/zenodo.8340388推荐阅读中国银河生信云平台UseGalaxy.cn致力于零代码生信分析。平台拥有海量计算资源、3000 多个生信工具和数十条生信流程并且为用户提供 200G 免费存储空间。进群交流请先加 usegalaxy 为好友。我们还为进阶用户提供高质量培训课程RNA-seq数据分析实战 | 2026年第1期开启你的生信学习之旅